Les Rhizo-flagellés :La présence de petits flagellés tels que Diplomonadida, se déplaçant très rapidement suivant une spirale et tournant sur eux-mêmes en avançant, même en petite quantité est indicateur de carence en oxygène dissous, le floc est peu dense mais composé de nombreux petits flagellés , de bactéries filamenteuses, et de bactéries libres dans le liquide surnageant.

 La présence abondante de Monas au déplacement très lent, est le signe d'une forte charge organique ( abattoirs ) .Les petits flagellés à déplacement lent sont présents lorsque la charge organique de l'effluent est importante, par exemple, lors du redémarrage de la station ( Petalomonas, Entosiphon).

Les flagellés coloniaux : Ils vivent en groupe, les individus sont:

- soit séparés les uns des autres, l'oxygénation est suffisante mais la qualité de l' effluent, qui est rarement un rejet domestique (plutôt abattoir), est moyenne, voire bonne (Dinobryon).

- soit étroitement accolés, l'on peut en déduire que la charge massique est relativement élevée, que l'oxygène est manquant et que l'effluent traité est rarement conforme aux normes (Eurodina). 

Les Rhizopodes: Les amibes constituent la majorité de ce groupe:

- les petites amibes sont dotées de pseudopodes permettant une lente locomotion, la forme du cytoplasme est très variable . Leur présence est parfois associée à des effluents qui contiennent des substances chimiques; si la station est bien aérée, ces amibes côtoient d'autres espèces (Trinema par ex), en sous aération, l'on retrouve diplomonadida.

-Les grandes amibes  de taille supérieure, 4 fois plus grandes que les précédentes, ont une place dans le floc, voisine de celle occupée par les Holotriches. L'oxygénation est bonne ainsi que la quantité de carbone éliminée.  Une station d'épuration qui fonctionne correctement, contient des Euglypha.

Les Holotriches :  Protozoaires ciliés qui représentent le groupe le plus important dans les boues activées, leur population dépend de l'effluent et de la station. Leur abondance permet de purifier le rejet dans le milieu récepteur. Il se crée un équilibre pondéral entre les sous-classes de ciliés, pour une usine à faible ou moyenne charge. En grande quantité il sont indicateurs d'un fonctionnement perturbé. La présence des holotriches de petite taille (Uronema) est du au manque d'oxygène et  à la présence d'une forte charge hydraulique (eaux parasites) qui diminue le temps de séjour dans les bassins d'aération.  Si la station est surchargée, les bactéries proliférent ainsi que les holotriches de grande taille qui sont leur prédateur (Litonotus, Colpidium).

 Est ce que la débilité, nous mèneras à ce véhicule automobile "futures générations" pour contenter écologistes, multinationales de l'automobile, et pétroliers ???.

Les Flagellés: Les protozoaires flagellés sont des êtres unicellulaires munis de flagelles, appartenant au règne animal. Le battement des flagelles permet leur déplacement. Certains parasitent le tube digestif ou l'intestin grêle, et se retrouvent ainsi dans les effluents des usines d'épuration.

Les Protozoaires holotriches : Ils sont ciliés, les cils sont courts, égaux et recouvrent tout le corps ou certaines régions de façon régulière. L'exemple de "Frontonia"  protozoaire, gros cilié holotriche dont la dimension peut atteindre, chez Frontonia leucas, 500 microns. Ce qui frappe de prime abord est leur voracité : il peut ingérer de grandes diatomées et des algues que l'on peut voir, ingérés et quasi intacts, dans des vacuoles digestives très visibles. Mais l'examen de la cavité orale et de la ciliature révèle quelques détails intéressants.ils sont ovoïdes, et se caractérisent par la présence de nombreuses vacuoles digestives.

En plus de ces inclusions, leur cytoplasme comporte des algues symbiotiques - des zoochlorelles - ici de couleur vert-bleuté.

La ciliature est homogène, mais chaque cil est accompagné d'un trichocyste. Ces trichocystes, sortes d'aiguilles logées dans un tubule fusiforme, peuvent être éjectés lorsque le Frontania est stressé. .

D'autres holotriches:

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Vidéo en anglais de protozoaires flagellés et ciliés.:

Groupe microscopique, ces organismes simples unicellulaires, vivent pratiquement partout :  le sol, l'eau, la matière organique, et dans le corps des animaux pluricellulaires.

Les bactéries se distinguent en partie par leurs caractéristiques morphologiques et génétiques: par exemple, ils peuvent avoir, une forme de tige, ou de spirale, des formes sphériques. Ils peuvent être divisés en 2 groupes principaux: gram- positifs et grams négatifs, basé sur la structure  de leur paroi cellulaire et de leur réaction à la coloration de Gram . De nombreuses bactéries nagent au moyen de flagelles