La mise en oeuvre de l’IPR consiste à mesurer l’écart entre la composition du peuplement sur une portion de la station de prélèvement, observée à partir d’un échantillonnage ( par pêche électrique ), et la composition théorique du peuplement, lorsque l'être humain n'a pas perturbé le milieu aquatique. La valeur de l'indice dépend donc d'outils multiparamétriques

qui permettent de mettre en valeur le niveau d'altération du peuplement piscicole soumis à des perturbations locales (variation de la composition des individus, de la structure et de l'abondance des taxons).

Le calcul de l’IPR prend en compte un ensemble de 34 groupes d’espèces, présentes sur le territoire français à l'exception de la corse.

Cinq classes de qualité ont été définies, à partir de stations de référence, non perturbées et de stations impactées ainsi que de 9 :variables environnementales 

Surface du bassin-versant drainé (km 2)

Distance à la source (km)

Largeur moyenne en eau de la station (m)

Pente du cours d’eau (‰)

Profondeur moyenne de la station (m)

Altitude (m)

Température moyenne inter-annuelle

de l’air du mois de juillet (°C)

Température moyenne inter-annuelle

de l’air du mois de janvier (°C)

 Unité Hydrographique

La valeur de l’IPR est de 0 lorsque le peuplement évalué est en tous points conforme au peuplement attendu en situation de référence. Elle devient d’autant plus élevée que les caractéristiques du peuplement échantillonné s’éloignent de celles du peuplement de référence.