Ecologie des cours d'eau: Ces petits monstres microscopiques qui épurent nos rejets 4 . Le rôle des protozoaires flagellés et ciliés .

Les Rhizo-flagellés :La présence de petits flagellés tels que Diplomonadida, se déplaçant très rapidement suivant une spirale et tournant sur eux-mêmes en avançant, même en petite quantité est indicateur de carence en oxygène dissous, le floc est peu dense mais composé de nombreux petits flagellés , de bactéries filamenteuses, et de bactéries libres dans le liquide surnageant.

 La présence abondante de Monas au déplacement très lent, est le signe d'une forte charge organique ( abattoirs ) .Les petits flagellés à déplacement lent sont présents lorsque la charge organique de l'effluent est importante, par exemple, lors du redémarrage de la station ( Petalomonas, Entosiphon).

Les flagellés coloniaux : Ils vivent en groupe, les individus sont:

- soit séparés les uns des autres, l'oxygénation est suffisante mais la qualité de l' effluent, qui est rarement un rejet domestique (plutôt abattoir), est moyenne, voire bonne (Dinobryon).

- soit étroitement accolés, l'on peut en déduire que la charge massique est relativement élevée, que l'oxygène est manquant et que l'effluent traité est rarement conforme aux normes (Eurodina). 

Les Rhizopodes: Les amibes constituent la majorité de ce groupe:

- les petites amibes sont dotées de pseudopodes permettant une lente locomotion, la forme du cytoplasme est très variable . Leur présence est parfois associée à des effluents qui contiennent des substances chimiques; si la station est bien aérée, ces amibes côtoient d'autres espèces (Trinema par ex), en sous aération, l'on retrouve diplomonadida.

-Les grandes amibes  de taille supérieure, 4 fois plus grandes que les précédentes, ont une place dans le floc, voisine de celle occupée par les Holotriches. L'oxygénation est bonne ainsi que la quantité de carbone éliminée.  Une station d'épuration qui fonctionne correctement, contient des Euglypha.

Une amibe qui piège une paramécie par phagocytose.

Les Holotriches :  Protozoaires ciliés qui représentent le groupe le plus important dans les boues activées, leur population dépend de l'effluent et de la station. Leur abondance permet de purifier le rejet dans le milieu récepteur. Il se crée un équilibre pondéral entre les sous-classes de ciliés, pour une usine à faible ou moyenne charge. En grande quantité il sont indicateurs d'un fonctionnement perturbé. La présence des holotriches de petite taille (Uronema) est du au manque d'oxygène et  à la présence d'une forte charge hydraulique (eaux parasites) qui diminue le temps de séjour dans les bassins d'aération.  Si la station est surchargée, les bactéries proliférent ainsi que les holotriches de grande taille qui sont leur prédateur (Litonotus, Colpidium).