Dans le cadre du SEQ eau (système d'évaluation de la qualité des cours d'eau), nous avons commencé par détailler les différentes familles de paramètres chimiques et physico-chimiques qui permettent d'apporter des informations sur la qualité des cours d'eau et sur l'usage que l'on peut en faire. Après les matières organiques et oxydables, nous allons parler des matières azotées( Ion ammonium: NH4 ; azote kjeldahl : NKJ et les Nitrites : NO2 ) qui contribuent au développement des algues par l'intermédiaire des nitrates. En dehors de toute influence humaine, ces différentes formes se succèdent et se transforment naturellement dans les milieux aquatiques, terrestres et aériens. Ainsi l'azote atmosphérique N2, est l'objet de nombreuses sollicitations par l'action de 3 processus: Sa fixation et sa transformation en ammonium NH4, par des organismes aquatiques et terrestres ( bactéries ). Sa nitrification en présence d'oxygène et de bactéries, sous une forme instable les Nitrites NO2, qui se stabilisent en Nitrates NO3. Sa dénitrification, phénomène inverse, qui consomme et réduit les nitrates.
Les apports, en nitrates, de l'agriculture intensive (ex :porcheries) et d'ion ammoniacal par l'activité humaine ou industrielle, ont perturbé ce cycle naturel . L'on recherche ainsi dans les eaux de rivière, les différentes formes de l'azote: l'Azote kjeldahl, NKJ, association de l'azote organique et de l'ion ammoniacal, l'azote ammoniacal,NH4,qui est un traceur de l'urine, les nitrites, NO2,forme instable, indicateur chimique d'une pollution organique, qui se transforme rapidement dans l'eau en nitrates.