- Les nitrates sont des composés naturels présents dans tous les écosystèmes. Ils sont essentiels aux végétaux, mais peuvent devenir néfastes pour les plantes et les animaux s'ils sont trop abondants. Ils entrent aussi dans la composition des engrais chimiques et naturels (fumiers).
- Les cours d'eau, les lacs et les étangs peuvent renfermer des nitrates provenant de sources diverses : zones agricoles dans lesquelles on fait une forte utilisation d'engrais, parcs d'engraissement du bétail et pâturages, et zones de traitement des eaux usées.
- Les nitrates sont épandus dans les champs et sur les pelouses pour nourrir les végétaux, mais ils peuvent être entraînés par les pluies directement dans les étangs et les cours d'eau voisins par le ruissellement de surface, ou via les canalisations des réseaux de drainage.
- Les nitrates et l'ammoniac sont des composantes des fumiers, lesquels peuvent aussi être entraînés par le ruissellement de surface.
- Les zones de traitement des eaux usées libèrent souvent de fortes concentrations de nitrates dans les masses d'eau.
- L'association des nitrates et des ortho-phosphates (en quantité infinitésimale), provoque le développement algal.
Le système d'évaluation de la qualité des cours d'eau , dans sa méthode des altérations, donne les valeurs limites pour les différentes classes de qualité.
- Très bonne: bleu (inférieur à 2 mg/l ).
- Bonne: vert (de 2 à 10 mg/l ).
- Moyenne: jaune (de 10 à 25 mg/l ).
- Médiocre: orangé (de 25 à 50 mg/l ).
- Mauvaise: rouge supérieur à 50 mg/l.
Quand le lisier pollue.
Entre les années 1980 et 1993, on observe une croissance des fortes concentrations en nitrates dans les eaux de surface bretonnes, puis un pallier entre 1993 et 1999, suivi d'une baisse des concentrations jusqu'en 2002. Depuis la courbe montre une stagnation des valeurs. En 2008, la concentration annuelle régionale selon le percentile 90 moyen était de 38,2 mg/l de nitrates, soit légèrement inférieure l'année 2007 avec 39 mg/l.
Le percentile 90 (Q90) est l'indicateur retenu pour la caractérisation de l'état des masses d'eau, en application de la DCE. Le Q90 n'est pas une moyenne, il représente pour un point d'observation donné la concentration pour laquelle 90 % des mesures étaient inférieures. Dans ce graphique est représenté pour chaque année le Q90 moyen c'est-à-dire la moyenne des Q90 de tous les points suivis en Bretagne par le réseau de contrôle de surveillance de l'Agence de l'eau Loire-Bretagne.